1、主要參數控制
一般空調比較偏重溫度、濕度、新鮮空氣量和噪聲的操控，而醫用空調組合機組更偏重的是操控室內空氣的含塵量、風速、換氣次數，這也就是 凈化空調比較特別重視的當地所在，特別是對生物潔凈室而言，菌含量是主要的操控參數之一。
2、空氣過濾手段
普通的空調在過濾時一般只有粗效一級過濾，較高的也只是粗效中效兩級過濾處理，醫用空調組合機組的要求會更高，它會有要求三級過濾，在生物潔凈室中除了送風系統有三級過濾外，還會消除動物臭味、避免對環境的污染，依據不同情的況進行過濾或濾毒吸附過濾設置。
3、室內壓力要求
空調不同對室內的壓力要求也不同，普通空調對室內的壓力沒有太大要求，醫用空調組合機組則對潔凈區的正壓值均有不同的要求，在負壓潔凈室內尚有負壓度的控制要求。
4、特殊要求
與普通空調相比，醫用空調組合機組對于材料、設備的選擇、加工工藝、加工安裝環境和設備部件儲存環境等都有特殊要求。
5、對氣密性的要求
兩種空調對系統的氣密性、滲氣量都有要求，但醫用空調組合機組要求會更高，需要在檢測手段、各工序的標準上嚴格措施及測試要求。
6、對土建及其他工種的要求
普通空調對于土建等要求不會太嚴格，而醫用空調組合機組更側重于防塵、防起塵、防滲漏，對于施工工序安排及搭接上要求很嚴格，避免外部污染空氣滲入潔凈室及防止積塵對潔凈室的污染。